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研究業績

Papers | Books | Reviews | Proceedings | Patents | Budgets

Papers

Corresponding Author*

• Kohei Nomura, Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Jiro Kondo, Ting Shi, Hirotaka Murase,
  Kosuke Nakamoto, Yasuaki Kimura, Naoko Abe, Kumiko Ui-Tei, and Hiroshi Abe
  Synthesis of 2′-formamidonucleoside phosphoramidites for suppressing the seed-based off-target effects of siRNAs
  Nucleic Acids Research,　 10.1093/nar/gkae741（2024）
• Yuki Yoshida, Yushi Niimi, Daichi Fushihara, Hideo Katakura, Ryusuke Fukui, Hirotaka Murase,
  Fumiaki Tomoike, Fumitaka Hashiya, Tsutomu Murakami, Eiichi N. Kodama, Tetsuro Suzuki,
  Kiyoshi Yasukawa, Yasuaki Kimura, and Hiroshi Abe
  2′-β-Methylselenyl nucleos(t)ide analogs as reverse transcriptase inhibitors against diverse HIV mutants
  Bioorganic & Medicinal Chemistry, 110 117813-117813 (2024)

• Fangjie Lyu, Hayase Hakariya, Haruka Hiraoka, Zhenmin Li, Noriaki Matsubara, Yonghao Soo,
  Fumitaka Hashiya, Naoko Abe, Zhaoma Shu, Kosuke Nakamoto, Yasuaki Kimura, and Hiroshi Abe Intracellular delivery of antisense oligonucleotides by tri-branched cyclic disulfide units.
  ChemMedChem, e202400472 (2024)

• Hiroto Iwai, Yasuaki Kimura, Masakazu Honma, Kosuke Nakamoto, Keiichi Motosawa, Takayuki Atago, Kana Asano, Fumitaka Hashiya, Naoko Abe, Keiko Kobayashi, Ryoko Ogisu, Atushi Hashimoto,
  Keiko Hiraishi, Seiji Saito, Junichiro Yamamoto, and Hiroshi Abe
  Position-Specific Nucleoside Sugar Modifications in mRNA ORF: Enhancing Translational Function through Complete Chemical Synthesis of mRNA
  Chem Rxiv, https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2024-bwpx6 (2024)

Books

1. 1. 石田竜真、阿部洋
      「高純度キャップ化mRNAの調製を可能とするPureCap法の開発 」
      生化学　2024年2月号
   2. 小川和哉、阿部洋
      「mRNAの完全化学合成を可能とする化学的キャップ化法の開発」
      現代科学　2023年5月号
   3. 坂野文香、阿部奈保子、阿部洋
      「遺伝子治療開発研究ハンドブック　第2版」
      株式会社エヌ・ティー・エス
   4. 大橋咲南、橋谷文貴、阿部洋
      「酸分子としてのmRNAの設計と開発」
      mRNAの制御機構の解明と治療薬・ワクチンへの活用　(株)技術情報協会
   5. 乙竹真美、平岡陽花、阿部洋
      「核酸医薬・mRNA医薬の製造分析の基礎と基盤技術開発」
      株式会社シーエムシー・リサーチ
   6. 乙竹真美、平岡陽花、阿部洋
      「翻訳効率最大化のためのmRNA分子設計」
      シーエムシー出版
   7. 平岡陽花、阿部洋
      「mRNA医薬の現在と未来」
      総合診療　2023年1月号
   8. 小川和哉、阿部洋
      「mRNAの完全化学合成」
      現代科学　2022年11月号
   9. 阿部洋、阿部奈保子
      「環状RNAの合成とその翻訳反応 – 大腸菌と動物細胞の翻訳系」
      実験医学　Vol. 34, No. 13, P. 2201-2207、羊土社 (2016)
   10. 阿部洋、「有機溶媒に溶ける核酸―DNA触媒の新たな可能性」、現代化学　2013年 1月号
   11. 古川和寛、阿部洋、伊藤嘉浩、常田聡
       「生細胞内RNA検出のための化学反応プローブ」「難培養微生物研究の最新技術II～ゲノム解析を中心とした最前線と将来展望～」大熊盛也
       工藤俊章監修、シーエムシー出版、p.19-27 (2010)
   12. 阿部洋
       終わりのない核酸の話
       ケミカルバイオロジー入門
       オーム社
   13. 阿部洋、古沢和寛、常田聡、伊藤嘉浩
       細胞内RNA可視化のためのバイオプローブ
       蛋白質　核酸　酵素
       共立出版株式会社　第52巻　第13号　p1619　(2007)
   14. 和田章、阿部洋、伊藤嘉浩
       アプタマー医薬
       「抗体医薬の最前線」
       シーエムーシー出版　p213　(2007)
   15. 阿部洋、古川和寛、常田聡、伊藤嘉浩
       細胞内遺伝子発現検出用の蛍光バイオプローブの設計と合成
       「一細胞内定量解析の最前線」
       シーエムーシー出版　p135　(2007)
   16. 阿部洋、伊藤嘉浩
       バイオプローブを用いたイメージング法とチップ解析法
       「ナノオプティクス・ナノフォトニクスのすべて」
       フロンティア出版　p157　(2006).

Reviews

1. 1. 1. 大橋 咲南,橋谷 文貴,阿部 洋,「酸分子としてのｍRNAの設計と開発」
         mRNAの制御機構の解明と治療薬・ワクチンへの活用2023.2、177-190
      2. 小川 和哉,阿部　洋,「mRNAの完全化学合成」
         現代化学2022,11,31-34
      3. Yuki Yoshida and Hiroshi Abe*
         核酸系抗ウィルス薬
         化学工業, 2020, 71(5)
      4. Fumiaki Tomoike, Hiroshi Abe
         “RNA imaging by chemical probes”
         Advanced Drug Delivery reviews, 2019, 147, 44-58
      5. Hiroshi Abe, Yasuaki Kimura
         “Chemical Ligation Reactions of Oligonucleotides for Biological and Medicinal Applications”
         Chemical and Pharmaceutical Bulletin, 2018, 66, 117.
      6. Yuko,Nakashima, Naoko Abe, Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe (2014) Nanostructured RNAs for RNA interference. In: Sioud M (ed) RNA interference: challenges and therapeutic opportunities. Methods in molecular biology. Humana Press, New York.
      7. 柴田綾，鵜澤尊規，伊藤嘉浩，周東智，阿部洋, 「非酵素的に高効率シグナル増幅を可能とする新規RNA検出法を開発」、化学と生物、52(11)、771-776 (2014)
      8. 伊藤美香、周東智、伊藤嘉浩、阿部洋
         グルタチオントランスフェラーゼを標的とした分子プローブの開発
         有機合成化学協会誌、70, 822 (2014).
      9. Seiichi Tada, Hiroshi Abe, and Yoshihiro Ito, “PEGylated Antibodies and DNA in Organic Media and Genetic PEGylation” in “Green Polymer 2.” ed. by H. N. Chen and R. A. Gross, ACS, p. 223-233 (2013).
      10. 阿部洋、阿部奈保子、柴田綾、伊藤嘉浩, 「ナノ構造を制御したRNAを用いたRNA干渉法」、アンチセンスDNA/RNA研究会誌　page 3, Vol.16, No.2, November 2012
      11. 阿部洋、柴田綾、古川和寛、常田聡、伊藤嘉浩、「還元反応を引き金とするoff/on型蛍光プローブを用いたRNA検出法の開発」、化学と生物50巻7月号、540p、2012年7月
      12. 劉明哲、阿部洋、伊藤嘉浩
          「進化分子工学による高分子触媒合成と生体高分子のハイブリッド化」
          高分子論文集、68(7), 405-416(2011)
      13. Mingzhe Liu, Hiroshi Abe, Yoshihiro Ito
          Hemin-Binding Aptamers and Aptazymes
          ACS Symposium Series 1043(Green Polymer Chemistry), 111-123 (2010).
      14. 伊藤嘉浩、北嶋隆、阿部洋
          細胞機能制御高分子と再生医療
          高分子　58巻、3月号　2009年3月
      15. 阿部洋，古川和寛，常田聡，伊藤嘉浩，
          細胞内遺伝子シグナルの解析
          生物工学，日本生物工学会，86(6), 268-270, (2008)
      16. Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe, Akira Wada, Mingzhe Liu
          Design and synthesis of biorelated polymers by combinatorial bioengineering.
          ACS Symposium Series 999(Polymer Biocatalysis and Biomaterials II), 194-215 (2008),.
      17. 阿部洋、阿部奈保子、原田充、常田聡、伊藤嘉浩
          ダンベル型ナノサークルRNAでRNA干渉を長期安定に
          バイオサイエンスとインダストリー
          バイオインダストリー協会　第66巻　No.8　(2008)
      18. 阿部洋、和田章、伊藤嘉浩
          新機能性核酸・タンパク質を生み出すコンビナトリアル・バイオエンジニアリング
          生物工学会誌　第84巻　第8号　p309　(2006).

Proceedings

1. 1. 1. Aya Shibata, Hiroshi Abe, Kazuhiro Furukawa, Satoshi Tsuneda, Yoshihiro Ito
         rotein detection using oligonucleotide probes.
         Nucleic Acids Symposium Series, 53, 157-158 (2009).
      2. Hiroshi Abe, Naoko Abe, Miwako Uda, Satoshi Tsuneda, Yoshihiro Ito.
         Synthetic nanocircular RNA for controlling of gene expression
         Nucleic Acids Symposium Series, 53, 65-66 (2009).
      3. Mingze Liu, Takuma Kagahara, Hiroshi Abe, Yoshihiro Ito.
         In vitro selection of RNA aptamer to hemin.
         Nucleic Acids Symposium Series,, 52, 513-514 (2008).
      4. Hiroshi Abe, Naoko Abe, Mitsuru Harada, Satoshi Tsuneda, Yoshihiro Ito.
         Nanocircular RNAs for RNA interference.
         Nucleic Acids Symposium Series, 52, 505-506 (2008).
      5. Kazuhiro Furukawa, Hiroshi Abe, Jin Wang, Kazuma Oki, Miwako Uda, Satoshi Tsuneda, Yoshihiro Ito.
         Fluorogenic probe triggered by reduction for nucleic acids sensing.
         Nucleic Acids Symposium Series,, 52, 353-354 (2008).
      6. Yuko Kondo, Hiroshi Abe, Hiroshi Jinmei, Naoko Abe, Kyoko Aikawa, Isamu Matsumoto, Yoshihiro Ito.
         Multiple chemical ligation under thermal cycle.
         Nucleic Acids Symposium Series,, 51, 365-366 (2007).
      7. Mingze Liu, Hiroshi Jinmei, Koji Fukuzono, Hiroshi Abe, Yoshihiro Ito.
         Intermolecular transfer of aminoacylated adenosine towards chemical aminoacylation of tRNA.
         Nucleic Acids Symposium Series,, 51, 353-354 (2007).
      8. Hiroshi Abe, Naoko Abe, Yoshihiro Ito.
         Structure analysis of oligonucleotide in organic solvent.
         Nucleic Acids Symposium Series,, 50, 25-26 (2006).
      9. Hiroshi Abe, Eric T. Kool.
         Universal linkers for signal amplification in auto-ligating probes.
         Nucleic Acids Symposium Series,, 49, 37-38 (2005).
      10. Satoshi Shuto, Tetsuya Mochizuki, Hiroshi Abe, Yoshihiko Kondo, Akira Matsuda.
          Synthesis and biological activity of adenophostin derivatives as IP3 receptor ligands.
          Nucleic Acids Symposium Series,, 2, 23-24 (2002).

Patents

1. 1. • 発明の名称：蛍光発生分子
        発明者：阿部洋、伊藤嘉浩、古川和寛
        出願人：理化学研究所
        国際出願番号：PCT/ JP2008/063871
        登録番号：特許5419278, US 8084201, EP 2204371,
      • 発明の名称：１本鎖環状ＲＮＡおよびその製造方法
        発明者：阿部洋、伊藤嘉浩、阿部奈保子、豊福秀一
        出願人：理化学研究所、大塚製薬株式会社
        国際出願番号：PCT/JP2008/058990
        出願国：日本、米国、欧州、他
        登録番号：特許5296328、EP2143792、他５９か国
      • 発明の名称：チオールの検出方法、
        発明者：阿部洋、伊藤嘉浩、柴田綾、伊藤美香
        出願人：理化学研究所
        国際出願番号：PCT/JP2009/51579
        登録番号：US 8187825,
      • 発明の名称：核酸の検出方法
        発明者：阿部洋、伊藤嘉浩、古川和寛、氏内圭一、曽家義博
        出願人：理化学研究所、東洋紡績株式会社
        出願番号：特願2007-104938
      • 発明の名称：蛍光発生分子
        発明者：阿部洋、伊藤嘉浩、王瑾、古川和寛
        出願人：理化学研究所
        国際出願番号：PCT/ JP2007/074424
        登録番号：特許5360647, US 8426127
      • 発明の名称：標的核酸配列に基づく目的分子の放出方法
        発明者：阿部洋、伊藤嘉浩、柴田綾、小玉博明
        出願人：理化学研究所
        出願番号：特願2007-289694
      • 発明の名称：環状１本鎖核酸複合体およびその製造方法
        発明者：阿部洋、伊藤嘉浩、阿部奈保子、原田充
        出願人：理化学研究所
        国際出願番号：PCT/JP2009/052945
        出願国：日本、米国、欧州
        登録番号：特許5540312
      • Title: Universal linker compositions for the release or transfer of chemical agents from polynucleotide
        Inventors: Eric T. Kool、Hiroshi Abe
        Assignee: THE BOARD OF TRUSTEES OF THE LELAND STANFORD JUNIOR UNIVERSITY
        Patent No.: US7,745,614
      • 発明の名称： ヌクレオシドまたはヌクレオチド誘導体、核酸誘導体、標的物質捕捉材料、標的物質を捕捉および／または放出する方法、ならびにヘミンアプタマー
        発明者：伊藤嘉浩、劉明哲、阿部洋
        出願人：理化学研究所
        出願番号：特願2008-68842
      • 発明の名称：蛍光発生分子および標的核酸検出方法
        発明者：阿部洋、伊藤嘉浩、柴田綾、伊藤美香
        出願人：理化学研究所
        国際出願番号：PCT/ JP2010/067287
        登録番号：US 8709721
      • 発明の名称：細胞膜透過性ダンベル型ＲＮＡおよびその製造方法
        発明者：阿部洋、伊藤嘉浩、阿部奈保子、烏田美和子、中嶋裕子、須賀晶子、高橋政代
        出願人：理化学研究所
        国際出願番号：PCT/JP2011/056492
      • 回転式タンパク質翻訳法
        発明の名称：環状RNA及びタンパク質の製造方法
        発明者：阿部洋、阿部奈保子、伊藤嘉浩、西原みづき
        出願人：理化学研究所
        国際出願番号：PCT/JP2013/053095
        出願国：日本・米国に移行予定
      • 断片化RNAによるビルドアップ法：
        発明の名称：機能性核酸分子の構築法、および当該方法に用いる核酸組合せ物
        発明者：阿部洋、丸山豪斗、伊藤嘉浩
        出願人：独立行政法人科学技術振興機構
        国際出願番号：PCT/JP2013/055732
      • ミニサークル環状RNAからのビルドアップ法
        発明の名称：機能性核酸分子の構築法
        発明者：阿部洋、伊藤美香、伊藤嘉浩
        出願人：理化学研究所
        出願番号：特願2013-012686
      • 発明の名称：新規化合物及び該化合物を含む脂肪滴及び／又は脂肪組織検出用試薬
        発明者：阿部洋、伊藤美香、伊藤嘉浩
        出願人：理化学研究所、東京大学
        国際出願番号：PCT/JP2014/056973
      • 発明の名称：核酸連結法
        発明者：阿部洋、丸山豪斗
        出願人：独立行政法人科学技術振興機構
        出願番号：特願2014-171540
      • 発明の名称：グルタチオンSトランスフェラーゼ阻害剤
        発明者：阿部洋、宍戸裕子
        出願人：国立大学法人名古屋大学
        出願番号：特願2016-133272
      • 発明の名称：β修飾リン酸化合物前駆体、β修飾リン酸化合物、反応阻害剤及びこれを
        含む医薬並びに反応阻害方法
        発明者：阿部洋
        出願人：独立行政法人科学技術振興機構
        出願番号：特願2018-043329
      • 発明の名称：修飾ポリヌクレオチド
        発明者：阿部　洋、シュージャオマー
        出願人：国立大学法人名古屋大学
        出願番号：PCT/JP2018/030549
      • 発明の名称：切断プライマー
        発明者：　阿部洋、阿部奈保子、中本航介、村瀬裕貴、木村康明
        出願番号：特願2019-140851
      • 発明の名称：停止プライマー
        発明者：　阿部洋、阿部奈保子、中本航介、村瀬裕貴、木村康明
        出願番号：特願2019-140852
      • 発明の名称：プロドラッグ化合物
        発明者：　阿部洋、木村康明
        出願番号：特願2021-013946
      • 発明の名称：マイクロRNAプロセシング活性の検出方法及びその応用
        発明者：　阿部洋、木村康明
        出願番号：特願2020-547024

Budgets

1. 1. • 科学研究費補助金　基盤Ｂ　「ナノ構造化と鋳型反応に基づくRNAの医薬機能創発」（研究代表者）（平成25年～平成27年）
      • 理化学研究所　戦略的研究展開事業「新規翻訳現象の理解と利用」（研究代表者）（平成24年～平成25年）
      • 科学研究費補助金：挑戦的萌芽研究「新規翻訳現象の解析と利用」(研究代表者)(平成24年)
      • 科学技術振興機構　さきがけ 研究領域：「脳神経回路の形成・動作と制御」
        「シナプス可塑性に関わるＲＮＡ群の革新的イメージング法の開発」（研究代表者）（平成23年～平成26年）
      • 科学技術振興機構　戦略的国際科学技術協力推進事業 日本－スウェーデン研究交流
        「単一分子レベルの酵素反応解析から癌治療法開発までの複合領域研究」（研究代表者）（平成23年～平成25年）
      • 科学技術振興機構　研究成果最適展開支援プログラム(A-STEP)
        「化学反応プローブとフローサイトメーターを用いた細菌の検出法の検討」（研究代表者）（平成23年～平成24年）
      • 科学研究費補助金：若手研究（A）
        「遺伝子型に基づく細胞分離法」（研究代表者）（平成22年度～平成23年度）
      • 理化学研究所　産業界連携制度交付金
        「化学反応遺伝子検出プローブを用いたPOCウイルス検査法の開発」（研究代表者）（平成22年度～平成23年度）
      • 保健医療分野における基礎研究推進事業
        「ダンベル型RNAを用いる新規RNA医薬品化技術の開発」（研究代表者）（平成２１年度～平成２３年度）
      • 産業技術研究助成事業 NEDO
        「化学反応プローブよる生細胞内遺伝子発現の検出」（研究代表者）（平成１８年度～平成２２年度）
      • 理化学研究所　戦略的研究展開事業
        「RNA環状ナノ構造体を用いるRNA干渉法」（研究代表者）（平成20年度～平成22年度）
      • 科学研究費補助金：若手研究（B）
        「化学反応プローブによる遺伝子シグナルの増幅」（20750146）（研究代表者）（平成20年度〜平成21年度）
      • 理化学研究所　奨励研究費
        「有機溶媒中の核酸の構造と機能に関する研究」（研究代表者）（平成18年度）
      • 理化学研究所 奨励研究費
        「有機溶媒に溶ける核酸を用いる分子触媒の創製」（研究代表者）（平成19年度）
      • 科学研究費補助金：若手研究（B）
        「細胞内蛋白質を可視化できるバイオプローブの開発」（18750159）（研究代表者）（平成18年度〜平成19年度）
      • 科学研究費補助金：基盤研究（Ａ）
        「金属・無機材料に結合できる成長因子の創成と医学応用」（研究分担者）（平成19年度〜平成21年度）
      • 科学研究費補助金：萌芽研究
        「有機溶媒中での試験管内進化法による触媒探索」（研究分担者）（平成19年度〜平成20年度）